STATISTIK-FORUM.de

[Hausmarke]

Danke bele!!
dass muss ich mir mal in ruhe ansehen; ich hatte von R lediglich gelesen, jedoch nie selber was gemacht. Ich hab in den 80ern etwas Assembler gemacht und später während des Studiums Pascal, Modula-2 C und C++. Allerdings progge ich nur sehr selten was und dann zumeist recht triviale Schnittstellensoftware/Data Conversion Sachen - bin primär Linux/Windows Serveradmin...

@strukturmarionette - tja - ich weiß nicht welche Information ich noch mehr bieten könnte - wir haben da unsere Tiere, können deren Bewegungen aufzeichnen und möchten wissen ob irgend welche Änderungen am Versuchsaufbau auch zu Änderungen an den Bewegungsabläufen kommt... ich hoffe doch dass wir durch unseren Aufbau Rückschlüsse auf Ursache->Reaktion ziehen können. Wir Menschen funktionieren ja auch so...

[bele]

@Hausmarke: Ausnahmsweise wollte ich R gar nicht pushen. Wenn Du Dich in C++ zuhause fühlst brauchst Du für das C++-Äquivalent meines Codes bestimmt etwas länger zum Coden als ich in R gebraucht habe, aber schneller als das Erlernen einer neuen Sprache ist es bestimmt. R wird allerdings in späteren Schritten vorteilhaft werden, weil es außer einer Programmiersprache eben auch ein Statistiksystem ist.
An meine Idee, jede Bewegung als Buchstaben darzustellen glaube ich fest, egal welche Sprache. Mit nur 600 Items kommt man mit brute force-Durchprobieren ziemlich weit. Wäre spannend mal zu sehen, was ein Prolog-Programmierer zu Deinem Problem sagen würde, aber ich glaube, die sind rar gesäht. Ich könnte mir Vorstellen, dass Dein Problem der Suche nach sich wiederholenden Sequenzen bei den *omics-Leuten schon mal bearbeitet wurde, wenn auch wahrscheinlich mit Rücksicht auf viel größere Datensätze.

LG,
Bernhard

[Hausmarke]

Hallo Bernhard - ich bin noch nicht dazu gekommen mir das im R Interpreter anzusehen und mich mal über R genauer kundig zu machen... wenn du willst, so werde ich dir Anfang nächster Woche mal ein Testfile zu Verfügung stellen - da kann man dann ev. schon sehen ob sich zumindest Häufungen oder Tendenzen abzeichnen...

Das hier wurde mir übrigens in einem anderen Forum empfohlen:

*ob bestimmte Subreihen öfter als andere vorkommen – ob es da zu "Häufungen"
kommt

Das ganze Wort in einem Suffix-Baum speichern, und (nach Boyer-Moore) die Substrings im Ganzen suchen&zählen.

*ob es auch innerhalb und zwischen diesen häufig vorkommenden Subreihen zu
Abhängigkeiten/Trends kommt – zb Subreihe x folgt in 90% der Fälle Subreihe
y.

Needleman-Wunsch und/oder Smith-Waterman mit einer der Fragestellung angepassten Bewertungsmatrix, und ggf. der Option, Teilstrings atomar zu behandeln, auf Segmente des Originals und die Verkettung der interessanten Substrings anwenden.

Aus der Bioinformatik gibts dafür BLAST als fertige Lösung, allerdings mit heuristischen Optimierungen und damit einem gewissen false negative-Risiko.

[bele]

Hallo Hausmarke,

von Suffix-Trees habe ich bislang noch nie was gehört - ein erstes schnelles Googlen klingt aber wirklich spannend. Das könnte eine Datenstruktur sein, mit der sich Deine Fragen deutlich effizienter beantworten lassen. Hängt ein bisschen davon ab, wie schnell man sich in die ganzen von Dir genannten Algorithmen einarbeiten kann. Im Netz findet man eine Menge dazu und auch ein erstes R-Zusatzpaket dafür war schnell gefunden. Hat man Dir in dem anderen Forum vielleicht auch Lesehinweise gegeben?
Ich werde mir diese SuffixBäume bei Gelegenheit mal anschauen. Heute muss ich bei der Hitze ein bisschen Computerarbeitszeit für meinen Arbeitgeber einsetzen und werde jetzt dazu sicher nicht kommen.
In jedem Fall vielen Dank für den Hinweis auf das interessante Thema.

LG,
Bernhard

[Hausmarke]

Hab keine weitere Info zu diesem Thema bekommen...