T-Test bei Genexpressionsanalyse

T-Test bei Genexpressionsanalyse

Beitragvon Carlo » Sa 11. Mär 2017, 18:55

Hallo,

Ich bin medizinischer Doktorand und möchte im Rahmen meiner Arbeit testen, ob ein gewisses Gen in einer Patientengruppe signifikant höher exprimiert ist.

Hierzu habe ich 25 Patienten und für jeden Patienten einen nach Alter und Geschlecht gematchten Kontrollpatienten. In jedem der Patienten und in jedem Kontrollpatienten wurde eine Genexpressionsanalyse durchgeführt. Nun habe ich den Expressionswert in jedem einzelnen Patienten auf den Expressionswert des jeweiligen Kontrollpatienten bezogen und habe somit für alle 25 Patienten einen Wert des relativen Anstiegs der Expression in Bezug auf den jeweiligen Kontrollpatienten.

Ist es statistisch richtig nun mit diesen 25 relativen Werten einen Einstichproben T-Test gegen den hypothetischen Wert 1 durchzuführen um zu testen ob die Genexpression in den Patienten sich signifikant von der Expression in den Kontrollpatienten unterscheidet?

Vielen Dank für die Hilfe
Carlo
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Re: T-Test bei Genexpressionsanalyse

Beitragvon strukturmarionette » Sa 11. Mär 2017, 19:41

Hi,

zunächst empfielt es sich, die Variablenstruktur nach unabhängigen und abhängigen Variablen klarzukriegen einschließlich deren Skalenniveaus.
Dem Anschein nach könnte es sich um zwei messwiederholte intervallskalierte Variablen handeln, wobei ein parametrischer 2-Stichprobentest für abhängige Stichproben in Frage kommen könnte.
Ist es statistisch richtig nun mit diesen 25 relativen Werten einen Einstichproben T-Test gegen den hypothetischen Wert 1 durchzuführen um zu testen ob die Genexpression in den Patienten sich signifikant von der Expression in den Kontrollpatienten unterscheidet?

- Ist schwer nachzuvollziehen, aber wenn du das fachlich begründen kannst..
- Wie lautet denn Deine Arbeitshypothese dazu?

Gruß
S.
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