Analyse von Koordinaten mit Markern in Spatstat

Distanzmaße, Diskriminanzanalyse, graphische Analysen etc.

Analyse von Koordinaten mit Markern in Spatstat

Beitragvon norman_stat » Mo 6. Apr 2020, 14:10

Hallo, ich bin ganz neu im Forum und habe gleich mehrere Fragen. :)

Ich habe zwei computergenerierte Datensätze und möchte nun prüfen, wie sich die einzelnen Individuen im Datensatz verhalten, bzw. welche Ausprägungen diese haben. Es handelt sich um Wachstumsdaten von Individuen auf einer Fläche von 150X5m, wobei jedes Individuum x,y und z-Koordinaten hat. Die Datensätze selbst enthalten Zeitschritte in Sekunden. Daraus ergibt sich, dass man ein einzelnes Individuum bei den Koordinaten tracken kann und den zeitlichen Verlauf extrahieren kann. Die zwei Datensätze unterscheiden sich nur um einen Faktor, der in die Generierung der Daten eingegangen ist. Folgendes möchte ich nun im weiteren Verlauf der Analyse herausfinden:

1. Unterscheiden sich die Individuen, die sehr nah beeinander stehen bezüglich ihrer Eigenschaften, wie Höhe von anderen Individuen, welche keinen unmittelbaren Nachbarn haben?
- Welcher Test ist dafür geeignet, vor allem im Bezug darauf, dass ich diesen Unterschied einerseits innerhalb der Datensätze und andererseits zwischen den Datensätzen (also unterscheiden sich nahe stehende Individuen hinsichtlich ihrer Höhe in dem einen Datensatz, etc. verglichen mit nahe stehenden Individuen im anderen Datensatz?)
- In der Fläche ist bereits ein Gefälle entlang der X-Achse (Wachstumsgradient) implementiert, weswegen es mir schwer fällt, eine Vergleichbarkeit der Datensätze zu schaffen. Wenn ich nun eine Gruppe nahe X=<1 untersuche, sind diese natürlich schon vornherein völlig anders als Gruppen nahe X<=149.. Wenn ich alle Individuen insgesamt vergleiche sollte sich dieser Effekt eigentlich einigermaßen ausgleichen oder?

2. Welche Individuen wähle ich für einen Einzelvergleich zwischen den Datensätzen?
Gleich alte Individuen mit ähnlichen Koordinaten? Wie lässt sich das Schlau programmieren? Vor allem muss ich erstmal das Alter des Individuums bei jedem Zeitschritt errechnen ungefähr so habe ich mir das vorgestellt:

> Sortiere Individuen mit gleichen Koordinaten (X und Y) nach aufsteigendem Zeitschritt (somit sind erstmal alle Individuen und deren Zeitschritte beisammen)

> Berechne Differenz aus letztem Zeitschritt(Tod des Individuums, letzter X- und Y-Wert) minus erstem Zeitschritt(Das Individuum taucht das erste Mal durch Keimung im Datensatz auf, erster X- und Y-Wert) -> Alter des Individuums
# gibt es dazu eine galante Lösung das für alle Individuen zu machen?

> Finde Individuuen mit ähnlichen Koordinaten und ähnlichem Alter zwischen den beiden Datensätzen? -> wie programmiere ich das?

> Ich hoffe, ich konnte das Problem verständlich schildern. Wenn Fragen da sind, probiere ich schnell zu antworten!
norman_stat
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Re: Analyse von Koordinaten mit Markern in Spatstat

Beitragvon strukturmarionette » Mo 6. Apr 2020, 19:37

Hi,

- was sind Merkmalsträger?
- eine Variable ist Tod? Also eine Datumsvariable? Korrekt?
- ...

Gruß
S.
strukturmarionette
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Re: Analyse von Koordinaten mit Markern in Spatstat

Beitragvon norman_stat » Mo 6. Apr 2020, 22:20

nein, der Tod ergibt sich daraus, dass das Individuum im nächsten Zeitschritt nicht mehr auftaucht. Das heißt, über die gesamte Lebensdauer ist es über den Zeitschritt (Variable) in Kombination mit X,Y und Z trackbar.

Beispiel:
X | Y | Z | Zeitschritt | Höhe | Breite | Biomassetotal | Biomassebelow | Biomasseabove |...............
34 | 4 | 5 | 0 | 2.5 | 0.5 | 23 | 10 | 13 | <- das wäre bspw. Individuum 1
140 | 1 | 2 | 0 | 1.2 | 0.4 | 8 | 4 | 4 | <- das ist Individuum 2, da andere Koordinaten
34 | 4 | 5 | 12000 | 5.3 | 0.5 | 50 | 24 | 26 | <- Individuum 1
140 | 1 | 2 | 12000 | 2 | 0.7 | 26 | 12 | 14 | <- Ind. 2 taucht ab hier letztmalig im Datensatz auf -> damit ist dies der Zeitpunkt des Todes
34 | 4 | 5 | 24500 | 6.8 | 1.2 | 60 | 30 | 30 | <-Individuum 1
34 | 4 | 5 | 35600 | 9.5 | 1.8 | 85 | 45 | 40 | <- Individuum 1
34 | 4 | 5 | 50000 | 11 |2.3 | 101 | 51 | 50 | <- Individuum 1

Die Individuen selbst sind im Datensatz natürlich nicht benannt, da extrem viele Individuen auch super schnell sterben und nur einmal kurz auftauchen.

Die Überlegung wäre halt nun für alle Individuen das Alter zum jeweiligen Zeitschritt zu berechnen. Das wäre in dem Fall, Für Individuum 1 50000(größter zeitschritt bei gleichen Koordinaten)-0(kleinster Zeitschritt mit gleichen Koordinaten) = Alter bei Zeitschritt 50000. NUn müsste das halt für alle Individuen pro Zeitschritt gemacht werden. Da die Individuen nun aber beliebig im Datensatz auftauchen und wieder verschwinden, weiß ich nicht genau, wie ich das galant programmieren kann.
norman_stat
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